【緊急速報】令和7年年末調整に激震！マイカー通勤者の「手取りが増える」改正が決定～「3つの視点」で読み解く、企業が今やるべき実務対応～

令和7年11月19日、国税庁より通勤手当の非課税限度額引き上げに関する重要な政令が公布されました。この改正の最大のポイントは、「令和7年4月1日まで遡って適用される」という点です。つまり、今年の年末調整は例年と異なり、過去に支給した手当の「課税・非課税の判定」をやり直す必要があります。

経営者や経理・人事担当者が押さえておくべきポイントを、「お金（税務）」「リスク（法務）」「実務（労務）」の3つの視点でわかりやすく解説します。

従業員にとっての最大のメリットは、「過去に払いすぎた税金が戻ってくる」可能性がある点です。

遡及適用のインパクト
改正法は11月施行ですが、適用は「令和7年4月1日以後に支払われるべき通勤手当」からです。4月から10月までの間に「旧限度額」を超えて課税されていた部分が、今回の改正で「非課税」に変わります。
具体的な節税効果
例えば、片道50kmで自動車通勤し、月30,000円の手当を受けている場合。これまでは28,000円が非課税で2,000円が課税対象でしたが、新限度額は32,300円に引き上げられます。
結果
4月～10月の7ヶ月間で課税されていた「14,000円（2,000円×7ヶ月）」が非課税扱いとなり、その分の所得税が年末調整で精算（還付）されます。
社労士前田の助言
従業員の手取りが増えるポジティブなニュースです。正確に計算し還元することで、会社への信頼度が高まります。

法的な観点では、トラブルを防ぐために「基準日の適用ルール」を厳格に運用する必要があります。

「支給日」が分岐点
法律上の適用要件は「4月1日以後に支払われるべき通勤手当」です。
4月10日支給
対象となります（新限度額適用）。
3月10日支給（4月分前払い）
対象外です（旧限度額のまま）。
退職者への法的義務
年の途中で退職し、すでに源泉徴収票を交付済みの元従業員についても注意が必要です。再計算の結果、非課税分が増える場合は、源泉徴収票の「支払金額」を訂正し、「再交付」と記載して渡し直す対応が求められます。これを怠ると、退職者が確定申告で不利益を被るリスクがあります。
社労士前田の助言
「何月分か」ではなく「就業規則上の支給日はいつか」で判断してください。ここを間違えるとコンプライアンス違反になる恐れがあります。

最も負担がかかる給与計算の実務現場では、「効率的な処理」がカギとなります。

システムの対応を待つな
給与計算ソフトのアップデートが年末調整に間に合わない可能性があります。しかし、国税庁は「源泉徴収簿の余白への手書き記載」を認めています。
対応策
「非課税となる通勤手当」として差額（例：14,000円）を計算し、源泉徴収簿の「給料・手当等①」の総額から直接マイナスして年調計算を進めて問題ありません。
対象者の絞り込み
今回の改正は「自動車・自転車等の交通用具」が対象です。電車・バスのみの利用者は変更がないため、対象者を明確に区別することで作業ミスを防げます。
従業員への周知
給与明細の金額や源泉徴収票の数字が動くため、「なぜ金額が変わったのか」という問い合わせが予想されます。「国の法改正による還付調整である」旨を事前にアナウンスしましょう。
社労士前田の助言
年末の繁忙期にシステム改修を待つより、手動計算での補正準備を今すぐ進めるのが賢明です。計算根拠さえ残せば、複雑な処理は必要ありません。

今回の改正は、従業員にとってはメリットしかありませんが、経理・人事担当者にとっては複雑なイレギュラー処理となります。

「うちは対象になるのか？」「計算が合っているか不安だ」という場合は、年末調整が本格化する前に、専門家である当事務所へご相談ください。

＊ご参考：通勤手当の非課税限度額の改正について（国税庁）

坂の上社労士事務所/給与計算・就業規則・助成金・社会保険・労務相談・人事評価(東京都千代田区神田三崎町/全国対応)

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